W okresie programowania 2004-2006 wdrożenie Podstaw Wsparcia Wspólnoty odbywa się poprzez następujące Programy Operacyjne:
- Zintegrowany Program Operacyjny Rozwoju Regionalnego (ZPORR)
- Program Operacyjny Transport (SPO Transport)
- Sektorowy Program Operacyjny Wzrost Konkurencyjności Przedsiębiorstw (SPO WKP)
- Sektorowy Program Operacyjny Rozwój Zasobów Ludzkich (SPO RZL)
- Sektorowy Program Operacyjny Restrukturyzacji i Modernizacji Sektora Żywnościowego oraz Rozwój Obszarów Wiejskich (SPO ROL)
- Sektorowy Program Operacyjny Rybołówstwa i Przetwórstwa Ryb (SPO RYB)